WIÑAY a través de alianzas estratégicas, convenios e incorporación de organizaciones productivas trabaja con:
- Productores y productoras del área rural y urbana a nivel local, departamental y nacional.
- Asociación Nacional de Productores de Quinua (ANAPQUI).
- Sociedad Agroindustrial Altiplano (SAGAL).
- Asociación de Organizaciones de Productores Ecológicos de Bolivia (AOPEB).
- Servicio Nacional de Áreas Protegidas (SERNAP) con 22 Áreas Protegidas de Carácter Nacional.
- Consejo Indígena de los Pueblos Tacana (CIPTA) representante de 20 comunidades y 2.606 indígenas de los municipios de San Buenaventura e Ixiamas: San Pedro, Santa Fe, Carmen Pecha, Macahua, Nueva Esperanza, Santa Rosa de Maravilla, San Silvestre, Tumupasa, San Miguel, Villa Alcira, Capaina, Bella Altura, Buena Vista, Altamarani, Tres Hermanos, Copacabana, Cachichira, Villa Fátima, San Antonio del Tequeje y Carmen del Emero.
- Organizaciones del Departamento de Pando:
- Asociación Agroindustrial Nueva Vida (ASOPRAIN)
- Asociación Agrointegral Tres Arroyos (AATA)
- Asociación Integral 18 de Noviembre
- Asociación Integral 19 de Agosto (ASPROAPA)
- Asociación Forestal Mixta de Cacao Orgánico (AFOMCO)
- Asociación Agroindustrial
- Asociación de Productores Ganaderos de la Región Humanata (ASPROGAR), Provincia Camacho, La Paz que representa a 12 OECAs de la Región Humanata.
- Organización de Líderes Productores Agropecuarios (ORLIPA) Región Humanata Provincia Camacho, La Paz.
- Movimiento de Economía Social Solidaria Comunitaria y Comercio Justo de Bolivia (MESyCJB).